L'étude acharnée de la langue et la rédaction de ses premières publications n'empêchèrent pas Abel-Rémusat de poursuivre, par nécessité, ses études de médecine : «j'ai mes examens médicaux à passer, ce qui est de toutes mes affaires celle que j'ai le plus en horreur...» (à Jeandet le 27.01.1813) .
En août, il soutient sa thèse : "Dissertatio de glossosemeiotice sive de signis morborum quae e lingua sumuntur, praesertim apud sinenses", une trentaine de pages en latin, sur le dignostic par l'examen de la langue en médecine chinoise. Elle est inspirée directement de l'oeuvre de Michael Boym, plagiée -indigno dolo!- par Andreas Cleter en 1682. Il arrive ainsi à concilier passion et raison, chinois et médecine, citant Hippocrate et les classiques chinois.
Il est très content de lui : « Nous avons parlé latin pendant une heure tout s'est passé à merveille...J'ai eu un nombre d'auditeurs prodigieux, au moins 150, et néammoins les thèses sont fort peu suivies en ce moment..» (à Jeandet le 27.08.1813). Car il commence à être connu : « Ce jeune docteur, l'honneur de notre école, qui a su allier l'étude des langues orientales à celle de la médecine, connait assez cette science pour l'exercer utilement et avec succès...je l'ai plus d'une fois distingué dans nos cliniques..» (Percy, cité par Landresse ).
 

Mais, six mois plus tôt, la Grande Armée s'est effondrée en Russie. Jusque-là, fils unique d'une veuve, handicapé d'un oeil, il a réussi, en faisant jouer ses relations, à échapper à la conscription. «...mes inquiétudes ont recommencé incessamment: tous les bruits ici sont pour des levées considérables »(à Jeandet le 27.08.1813). Malgré l'intervention de Silvestre de Sacy et de l'Institut, il est mobilisé comme chirurgien mais est nommé à Paris aux hopitaux provisoires ( installés dans les abattoirs!) pour accueillir les blessés de la campagne de France. En mars1814, les Alliés assiègent Paris : «j'ai pendant tout le mois dernier exercé mes fonctions de chirurgien à l'hopital de Montmartre et j'ai vu de loin la bataille de Belleville; mais je me suis retiré avant le danger de sorte que l'on ne peut pas dire que ce soit lui qui m'ait fait peur...»(à Jeandet, avril 1814) . Il fut ensuite affecté à l'hopital de Montaigu pour y soigner les victimes du typhus.

 Abel-Rémusat continua à exercer pendant quelques années (souvent à l'intention de sa famille ou de ses relations) jusqu'à ce que son traitement de professeur au Collège de France et de consevateur à la Biblothèque Royale lui assurent un train de vie décent. Mais, comme l'écrit Landresse, « Pour qui a connu M.Rémusat, aucun parti ne semblera moins convenir à sa personne et à son caractère que celui qu'il embrassait ...doué d'une extrème délicatesse d'organes et d'une sensibilité profonde qu'il ne pouvait surmonter....».

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